新型コロナウイルス感染症治療研究に役立つ 20 のオープンソース ツール

政府、科学者、研究機関はテクノロジーとイノベーションを活用して新型コロナウイルス感染症に取り組んでいます。

オープンソース ツールが開発されており、この致命的なウイルスの影響を最小限に抑えるために導入された取り組みをサポートするためにテストが続けられているツールもあります。

さまざまなオープンソース ツールがすでに導入されており、研究者がこの病気について学び、蔓延を特定し、蔓延を防止し、さらなる蔓延と死亡を最小限に抑えるのに役立ちます。 Education Ecosystem では、さまざまなツールの使用方法を説明するさまざまなプロジェクトを利用できます。

この記事では、新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) の監視、予防と封じ込め、診断、治療に使用されているオープンソースのツールとライブラリのいくつかを取り上げます。

新型コロナウイルス感染症追跡マップ

1 月、JHU のシステム科学工学センターは 、新型コロナウイルス感染症世界追跡マップ を発表しました。これは、急速に進化するパンデミックのリアルタイム データの国際的に信頼できる情報源となりました。

このマップはオープンソースであり、トップのメディア組織、小規模組織、地方自治体による研究と視覚化の取り組みを強化するために使用されています。

DXY-COVID-19-クローラー

DXY-COVID-19-Crawler は、1 月に COVID-19 に対応するために開発された最も初期のオープンソース プロジェクトの 1 つです。

開発者は、中国の医師が症例の報告と追跡に使用していたサイト、DXY.cn のデータを利用しました。彼らは、サイトからデータを収集し、API とデータ ウェアハウスを通じて利用できるようにする Web クローラーを開発しました。コードは Github で入手できます。

オープンデータキット

Open Data Kit (ODK) は 新しいツールではありません。これは、2004年に西アフリカでエボラ出血熱が流行した際にも使用されており、最近では2019年にコンゴ民主共和国で流行した。

これは主に、ユーザーが接触者追跡、戦略的マッピング、意思決定支援、コミュニティへの啓発、およびケース管理においてデータを収集、管理、使用するのに役立ちます。

ODK コミュニティは、デプロイメントで報告フォームを利用できるようにすることで、新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) への対応としてその利用をさらに前進させました。このフォームは、症例の調査、接触者の追跡と調査のための世界保健機関の手順に従って設計されています。

リード開発者は、新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) に対応して ODK を導入した組織に対しても無料サポートを提供しています。

ネクストストレイン

Nextstrain は 病原体の進化を追跡します。これまで、病気の家族歴を解明するために使用されてきたため、病気の進行の予測が可能になりました。

エボラ出血熱などの過去の流行でも使用され、成功を収めています。 Global Initiative on Sharing All Influenza Data (Gisaid) の遺伝子データを通じて、Nextxtrain は新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) への取り組みに使用されています。

DHIS2

DHIS2 は おそらくすでにご存知でしょう。世界最大の健康情報管理システムです。 70か国以上で使用されています。新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) への対応の一環として、DHIS2 は感染の検出、報告、監視、病気の治療を加速するデジタル データ パッケージをリリースしました。

DHIS2 デジタル データ パッケージは、迅速な展開と対応を可能にするために、新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) の症例定義と監視に関する WHO のプロトコルに準拠した標準メタデータを利用します。

ピコバル 西ジャワ

インドネシアの疾病・災害情報調整センターは、インドネシアの西ジャワ州で新型コロナウイルス感染症を緩和し、対応するために設立された危機対応センターです。

Jabar Digital Service は、対応の一環として、ユーザーが最新の COVID-19 データにアクセスできるようにする オープンソース Web ツールとアプリを 開発しました。

OpenMRS

OpenMRS は、世界中の多くの発展途上国で使用されている患者ケア システムです。 OpenMRS システム の柔軟性のおかげで、医療資源が逼迫している国々は、このシステムを新型コロナウイルス感染症の監視、スクリーニング、治療に使用できます。

このシステムは、危機への対処に関する科学的根拠に基づいた情報へのアクセスを提供することで、彼らの能力を拡大するのに役立ちます。

OpenLMIS

OpenLMIS プロジェクトは、 コミュニティを重視した戦略を利用して、オープンソースの調整可能な物流管理情報システムを開発します。 OpenLMIS システムは、データの精度の向上、説明責任の強化、データの適時性および可視性の向上を目指しています。

OpenLMIS システムは、医療サプライ チェーン、検査キットや PPE (個人用保護具) などの利用可能な医療用品の明確な画像を提供するための医療リソースの在庫を強化することを目指しています。このツールは、新型コロナウイルス感染症への対応としてリソースを割り当てる意思決定者をサポートするために効果的に導入できます。

健康サイト

Global Healthsites Mapping Project は、 世界中のすべての医療施設をマッピングし、すべての病院の詳細に簡単にアクセスできるようにすることを目的としたプロジェクトです。医療施設のデータはAPIを通じてアクセスできるようになった。

healthsites.io チームはユーザーと協力して、各医療施設の場所と連絡先の詳細を取得して検証し、オープン データ ライセンスを通じてデータを自由に利用およびアクセスできるようにします。

ソルマ

SORMAS ( Surveillance Outbreak Response Management and Analysis System ) は、オープンソースのモバイル e-ヘルス システムです。これは、疾病管理および発生管理手順を実装するために導入されています。

新型コロナウイルス感染症の監視と早期発見のために、ガーナ、ナイジェリア、ネパール、フィジーを含むいくつかの国で効果的に導入されています。

SORMAS は、データ保護標準に準拠した無料のオープンソース システムです。

東京 新型コロナウイルス感染症（COVID-19）

他の多くの都市や政府とは異なり、 東京都は 住民に新型コロナウイルス感染症について情報を提供するオープンソースのウェブサイトを開発しました。オープンソースにしたことで、このサイトには 200 人を超えるユーザーからの貢献が見られました。他の３都市、千葉、長野、福岡もウェブサイトを再構築した。

OpenELIS

OpenELIS 医療システム の目的は、治療の選択肢を改善するためのさまざまな健康への取り組みで使用できる、進歩的な標準ベースの検査情報管理システムを提供することで医療を改善することです。

新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の発生により、接触者の追跡と疑いのある症例の集団検査が世界的な課題となっている。 OpenELIS システムは、新型コロナウイルス感染症への取り組みに効果的に導入でき、臨床検査と結果の追跡を容易にします。

地域保健ツールキット

コミュニティ ヘルス ツールキットは、 アクセスが難しい地域でのコミュニティ ヘルス イニシアチブで使用するデジタル ツールを構築および展開することを目的とした、オープンソース ツールとオープン アクセス リソースのコレクションです。

Community Health Toolkit 開発者コミュニティは、地域の医療従事者が新型コロナウイルス感染症に取り組むのを支援することを目的としたツールとリソースの開発に結集しました。

チャイム

COVID-19 Hospital Impact Model for Epidemics (CHIME) は、ペンシルベニア大学 Penn Medicine のデータ サイエンティストによって開発されたオープンソース アプリケーションです。これは、病院が医療リソースに対するウイルスの影響を予測できるオンライン ツールです。

これは、Python と pandas オープンソースの依存関係を使用して開発されています。

新型コロナウイルスケアマップ

新型コロナウイルスケアマップは、 既存の医療リソースをマッピングし、病院のベッド、人工呼吸器、医療用品、人員配置の不足を予測するのに役立ちます。すべてのメソッド、データ処理ツール、ビジュアライゼーション、およびソース コードは無料でオープンソースです。

新型コロナウイルス感染症ケアマッププロジェクトは、急速に増加する新型コロナウイルス感染症と集中治療を必要とする人々を効果的にケアするための支援を予測し、行動することを目指しています。

ロケール.ai

Locale.ai は、世界中で確認されたすべての 新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) 症例をオープンソースでインタラクティブに視覚化したものを開発しました。ジョン ホプキンス大学のオープンソース データセットをクエリします。

Locale.ai は、開発者が最新の Web アプリを作成できるようにする人気のフレームワークである Vue.js を使用して、新型 コロナウイルス感染症 (COVID-19) 視覚化 Web サイトを 開発しました。

世界中で新型コロナウイルス感染症（COVID-19）が蔓延

このアプリは、 地図の視覚化を利用して、世界中での新型コロナウイルス感染症の蔓延、確認された症例、病気の進行を監視します。 John Hopkins CSSE のデータを利用します。

コロナウイルストラッカー

これは John Coene によって開発された Shiny アプリです。ジョン・ホプキンス大学、DXY データ、Weixin のデータを使用して、新型コロナウイルス感染症の蔓延を追跡します。このアプリには、時間と地域ごとに感染の疑いのある患者、確認された患者、回復した患者の数が表示されます。コードは Github で入手できます。

新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の世界的な感染者数

COVID-19 Global Cases は 、Christoph Schoenenberger によって開発された Shiny アプリで、地図、プロット、集計表、図上に COVID-19 の推移を示します。そのコードは Github で入手できます。

政府と新型コロナウイルス感染症（COVID-19）

これは Sebastian Engel-Wolf によって開発された Shiny アプリです。これは、さまざまな地域における新型コロナウイルス感染症の指数関数的な増加、感染者数が2倍になるまでの日数、確認された症例、死亡率、および10万人あたりの確認された症例数をマッピングしています。コードは Github で入手できます。

まとめ

オープンソース コミュニティは、新型コロナウイルス感染症のパンデミックに迅速かつ効果的に対応してきました。病気の蔓延に対処するために、多くのプロジェクトが構築され、今後も構築され続けます。この記事では、プロジェクトのいくつかについて説明します。今後数週間で病気がどのように進行するかについては依然として不確実性が存在します。既存のオープンソース テクノロジーを活用できるプロジェクトがさらに増えれば、この致命的な病気との戦いに居場所が見つかるでしょう。

おげんきで！

教育エコシステム CEO、Michael J. Garbade 博士による記事